新型インフルエンザは、弱毒型ウイルスか強毒型ウイルスかによって、症状は異なると考えられます。

人類は今まで強毒型ウイルスの流行を一度も経験したことがなく、かつて流行したインフルエンザは全て弱毒型ウイルスによるものです。2009年発生の新型インフルエンザ（A/H1N1型）では死者数は約2万人（2010年8月時点）で弱毒型の新型インフルエンザウイルスによるものでした。一方、全世界で4000万人もの死者を出した1918年のスペイン・インフルエンザ（通称「スペインかぜ」）も、弱毒型鳥インフルエンザウイルスによるものであることがわかっています。
弱毒型ウイルスは呼吸器疾患が主な症状です。

現在、Ｈ5Ｎ1型の強毒型鳥インフルエンザウイルスのヒトへの感染がみられていますが、これが新型になる危険性が心配されています。
この強毒型ウイルスは呼吸器感染にとどまらず、血流中にウイルスが侵入して全身感染を起こします。人でも、肺以外に、脳、心臓、腎臓などで感染が拡がっていることが報告されています。
感染患者はこの様な全身感染に加えて、ウイルス感染に対する過剰な生体防御反応、サイトカイン・ストーム^※が起こり、その結果、さまざまな臓器が障害を受け、多臓器不全がもたらされる可能性があると考えられます。
さらに、Ｈ5Ｎ1型鳥インフルエンザウイルスの感染による死亡者は、40歳以下や小児が中心で、特に若い世代（10～20代）による死亡率が高い（2010/10現在、70％程度）ことが報告されています。
毎年流行するインフルエンザの致死率が0.1％未満であるのに対して、Ｈ5Ｎ1型鳥インフルエンザウイルス 感染による致死率は60％近くとなっています（ＷＨＯ 2010/10現在）。これが新型となった場合、世界銀行では5-15％の致死率を想定しています（2008年）。米国は20％の致死率を想定して、計画や訓練を行っています。

この様な点から、Ｈ5Ｎ1強毒型インフルエンザウイルスは今まで人類が経験したことのない、新感染症の一つと言っても過言ではないかもしれません。