季節性インフルエンザや新型インフルエンザなどインフルエンザを引き起こす病原体はインフルエンザウイルスです。インフルエンザウイルスは直径約1万分の1mmの大きさで、抗原性の違いでＡ、Ｂ、Ｃ型の3つの型に分類されています。

インフルエンザウイルスの表面には、スパイクタンパクという糖タンパク質が突き出ています。Ａ型インフルエンザウイルスには、ヘマグルチニン（ＨＡ）とノイラミニダーゼ（ＮＡ）の二種類のスパイクタンパクがあり、ウイルスが感染を起こすための大切な役割を果たしています。ＨＡは感染しようとする細胞に結合し、ウイルスを細胞の中に取り込む役割をします。ＮＡは、感染した細胞とＨＡの結合を切って、複製されたウイルスを細胞から放出させる役割を持ちます。

Ａ型インフルエンザウイルスのＨＡには16種類（H1～H16）、NAには9種類（N1～N9）あり、この組み合わせによりＡ型インフルエンザウイルスにはH1N1～H16N9の144種類の"亜型"が存在し、非常に多様性をもつことがわかります。
毎年流行するインフルエンザには、亜型H1N1型（ＨＡがH1、ＮＡがN1）、亜型Ｈ3Ｎ2型（ＨＡがH3、ＮＡがN2）などがあり、それぞれ「Ａソ連型」や「Ａ香港型」といわれています。そして、現在、東南アジアをはじめ世界各国で発生している鳥インフルエンザH5N1型は、ＨＡがH5、ＮＡがN1を持つ亜型です。

Ｂ型インフルエンザウイルスにもＨＡとＮＡがありますが、それぞれ1種類しかなく、Ｃ型インフルエンザウイルスにはヘマグルチニンエステラーゼ（ＨＥ）しか存在しないため、多様性は乏しくなっています。
通常、人に流行を起こすインフルエンザウイルスはＡ型とＢ型で、Ｃ型は軽いかぜ症状のみです。

A型インフルエンザウイルスは鳥をはじめ、人、ウマ、ブタ、トラ、アザラシ等に広く感染する人畜共通に感染するウイルスです。毎年冬に風邪症状をもたらす流行性感冒で“季節性のインフルエンザ”といわれるもの、鳥が感染して大量死をもたらす場合もある“鳥インフルエンザ”、そして、鳥インフルエンザウイルスが人から人へ効率よく感染するように変異し、大規模な感染をもたらす“新型インフルエンザ”、これらは全て原因となるウイルスの亜型が異なりますが、A型のインフルエンザウイルスによるものです。