わが国では、感染症を取り巻く状況の激しい変化に対応するため、これまでの「伝染病予防法」に替えて、 1999年４月１日から「感染症法（正式名称：感染症の予防および感染症の患者に対する医療に関する法律）」が 施行され、感染症予防のための諸施策と患者の人権への配慮を調和させた感染症対策が採られています。
2002年11月から７月初旬にかけて東アジアを中心として世界各国に広がった「SARS（重症急性呼吸器症候群）」などの海外における感染症の発生、移動手段の発達に伴い、人や物資の移動が迅速、活発になること、 保健医療を取り巻く環境の変化に対応するため、「感染症法」は2003年10月16日に改正（11月5日に施行）、 さらに2007年４月１日からも改正され「結核予防法」と統合されました。
高病原性鳥インフルエンザ（H５N１）の感染拡大状況と新型インフルエンザが発生した場合のまん延に備え、 2008年５月２日に改正（５月12日施行）されました。
このように、変化していく感染症に応じて、法体制を整え対策の充実が図られています。

「感染症法」では、症状の重さや病原体の感染力などから、感染症を１類～５類の５種の感染症と指定感染症、新感染症の７種類に分類しています。さらに2008年５月の改正により、新たに「新型インフルエンザ等感染症」が追加されました。感染症の種類により医療機関の対処法も異なり、それぞれの危険度に対応した対策を可能としています。