新型インフルエンザは、病原となるインフルエンザウイルスによって病原性の強さが異なります。

過去130年の間に起こった新型インフルエンザ [スペイン・インフルエンザ（通称「スペインかぜ」）、アジア・インフルエンザ（通称「アジアかぜ」）、香港・インフルエンザ（通称「香港かぜ」）、2009年新型インフルエンザ（A/H1N1型）] は、すべて弱毒型インフルエンザウイルスによるもので、病原性は低いものでした。
2009年に発生した新型インフルエンザは、ほとんどの人（一部の基礎疾患者、妊婦、乳幼児、高齢者などのハイリスク者を除く）が軽症で回復するという季節性のインフルエンザ並みのもので、軽度に分類されます。致死率が約0.5％のアジア・インフルエンザは中度、さらに致死率が高い（約2％）のスペイン・インフルエンザは強度に分類されます。弱毒型の新型インフルエンザは、新型インフルエンザウイルスが呼吸器や腸管にのみ感染します。

強毒型の新型インフルエンザは、まだ大流行したことはありません。しかし、現在、鳥の間でＨ5Ｎ1型高病原性鳥インフルエンザの流行が拡大しており、非常に病原性が高いことが知られています。毎年、人への感染も報告されていて、このＨ5Ｎ1型鳥インフルエンザウイルスが新型インフルエンザウイルスに変異する可能性が高いといわれています。この場合には、致死率が、弱毒性の過去のパンデミックより高くなると考えられます。

病原性によって新型インフルエンザの症状や致死率が異なるため、病原性別に感染対策が必要となります。